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蛋白系列模型（全原子）

共 384 条资源

ProteinMPNN（官网内容解读）

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蛋白质改造工具-RFDiffusion-基本功能介绍

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RFpeptides：新一代活性肽设计工具

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蛋白质表面设计工具|Privileged Residues

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chai-1 | 完爆Alphafold？？？

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AlphaFold3翻车了吗？

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AlphaFold拓展工具--AFsample2

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EVOLVEpro--蛋白定向进化

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FAPLM-蛋白模型加速神器

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COLAV：蛋白质动态研究的开源革命

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UniIF--分子逆折叠

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actifpTM--让AlphaFold2预测更精准！

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OmegaFold过时了？

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SSEmb模型：蛋白质变异效应预测的新利器

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DiffSBDD |药物设计新概念

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Protenix |国产蛋白模型崛起

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国产开源蛋白模型Protenix：全面解析技术报告

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《Nature》|MaSIF-neosurf 蛋白-配体模型

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NVIDIA发布GenMol：AI药物发现新工具

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LevSeq：定向进化与机器学习新工具

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BioChatter：开启大语言模型在生物医学领域的新时代

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Science | ProtGPS：AI驱动的蛋白质定位

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Foldseek-Multimer 让计算效率提升千倍！

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Nature | AlphaFold预测无序蛋白

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AlphaFold-Multimer：蛋白相互作用预测的机遇与挑战

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AlphaFold2 的盲点：侧链预测偏差揭秘

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AlphaFold3 还能这样用？实验引导蛋白质结构预测新突破！

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基于AlphaFold的CyclicBoltz1:精准预测环肽

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微软最新 AI 研究：用深度学习解析蛋白质动态，BioEmu 让分子模拟进入 AI 时代！

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ChromoGen：AI破解染色质折叠

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STARLING：秒级预测无序蛋白

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AlphaFold 还能这么用？突破蛋白片段预测，实现高通量抑制剂筛选！

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AlphaFold3 在药物筛选中的新突破：虚拟筛选效果大幅提升

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ActSeek：精准挖掘 AlphaFold 数据库中的功能蛋白，揭示酶与药物脱靶新天地

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ProCeSa：突破传统方法的蛋白热稳定性智能预测框架

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ROCKET：基于AlphaFold先验和实验数据优化蛋白质结构预测的创新方法

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清华大学推出EPT：跨领域3D分子AI模型，加速新药研发与蛋白研究

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AlphaFold3 之后，AI 还能如何提升蛋白-配体结合预测

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卡内基大学研究评估：AlphaFold精准预测 GPCR 结构

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David Baker团队Nature在线重磅发布：Seq2Symm颠覆蛋白对称性预测！

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英伟达联合 MIT 最新发布 Proteína：AI 生成蛋白结构，精准操控折叠，掀起生物设计革命！

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重磅！上海交大团队突破蛋白质-DNA相互作用预测，ProDMM模型引领合成生物学新篇章！

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AF3Complex：颠覆AlphaFold 3 的终极进化！

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AlphaFold3能精准预测RNA结构吗？巴黎萨克雷大学最新评估？

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麻省理工联合英伟达颠覆蛋白设计！ProtComposer用3D椭球“绘制”生命分子新蓝图

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麻省理工最新突破！MINT模型揭秘蛋白质相互作用，助力精准医疗与新药开发

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听懂人话的蛋白模型：当AI成为“生物学家”，用自然语言破解生命的密码，揭开DNA、RNA与蛋白质的神秘对话！

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蛋白质结构预测迎来新王者？ESMFold用语言模型颠覆传统，AlphaFold的地位还稳吗

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AlphaFold、Protenix、Chai-1、Boltz-1——谁才是蛋白-短肽预测的最强王者？

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香港中文大学（深圳）团队发布SCOPE-DTI，AI直击新药研发痛点，破解药物-靶点匹配难题！

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密苏里大学重塑蛋白质解析新纪元：冷冻电镜+AlphaFold3，破解结构生物学终极难题

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AlphaFold2又迎来升级！耶路撒冷-麻省理工团队推出全新actifpTM评分方法，精准解析蛋白-肽互作

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打破AlphaFold 3、Boltz-1和Chai-1之间的壁垒！利物浦大学团队推出ABCFold，让AI结构预测更简单

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AlphaFold 3预测D-肽翻车！杜克大学团队揭秘：AI竟然“误判”手性，高达 51% 预测像是在掷硬币？

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非编码突变也能“看”懂？AlphaFold 3新玩法让转录因子绑定预测更精准！

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重磅！VantAI发布划时代Neo-1，AI第一次真正掌握“生物分子的语言”

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MIT&哈佛团队联手出击，小模型Lyra颠覆生物序列预测“游戏规则”

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圣彼得堡大学震撼发布新一代蛋白质结合预测神器：PCANN模型登场，刷新蛋白质结合亲和力预测精度

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扩散模型也能建模蛋白质？InstaDeep团队用Latent Diffusion打开蛋白AI新思路

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交大重磅出击！首创CHIEF深度集成模型，功能蛋白设计成功率100%，颠覆AI结构生物学认知！

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AlphaFold结构太“脏”？交大E3former横空出世，一招化解蛋白质表示学习的鲁棒性危机！

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“AI读懂蛋白语言”：阿拉巴马大学重磅综述揭示蛋白质表示学习五大技术进化路径

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AlphaFold不仅预测结构，还揭示折叠奥秘：华沙大学解锁250万蛋白“套索拓扑”，首次发现超螺旋与打结共存的奇异构象！

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AlphaFold3，不只是结构预测

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仅用一张3090显卡，南京理工大学造出“轻量版AlphaFold”！蛋白结构预测进入“低门槛”时代！

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苏州大学联合北京大学发布ProtTeX模型：让大语言模型“读懂”蛋白结构，实现功能预测与可控设计

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模型做得很漂亮，但离实验太远？交大发布VENUSFACTORY，让AI真正服务蛋白科研

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清华、字节、人大联合发布UniMoMo：首个通吃小分子、抗体、多肽的3D生成模型！

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Nature Methods 在线发布！David Baker团队推出 LigandMPNN，精准建模蛋白-配体相互作用

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湖北大学用一套模型让AI看懂蛋白的“语言”和“形状”—推动蛋白功能注释从粗略匹配迈向智能理解！

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浙江工业大学 × 西湖大学联合发布DeepSCFold模型：从蛋白序列精准推断结构互补性

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精准预测蛋白质与金属离子结合，范德堡大学团队打造SuperMetal模型

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AlphaFold2不只是画结构，它还能识别抗药突变！江苏理工用AI判断药物还能不能用

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登顶《Nature Biotechnology》！蛋白成像通量实现重大突破，魏茨曼团队发布AI赋能的CombPlex技术

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首次引入AlphaFold结构信息！哈工大提出MSNGO，攻克多物种蛋白功能注释难题

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首次实验验证！西湖大学Pinal模型从自然语言生成蛋白序列，并成功验证其具有酶活性功能！！！！

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AI梦中折叠蛋白：耶鲁团队打造生成式世界模型，挑战传统MD模拟！

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质谱界的ChatGPT来了！InstaDeep × DTU推出InstaNovo，看谱、猜肽、还能修正

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蛋白进化2.0：不试错、不筛选，AI直接在潜意识里造神

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Nature Methods重磅｜清华发布百亿参数蛋白大模型，xTrimoPGLM统一理解与设计

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南农团队发布MKFGO：融合语言模型、互作网络和DNA，精准预测蛋白功能！

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用主动学习预测蛋白结构？Sanofi团队提出DEWDROP新策略，效果超AlphaFold选样！

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72种模型、11个景观告诉你：蛋白质设计最大坑，其实在冷启动！

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不是AlphaFold，不是ProtGPT！InstaDeep用Bayesian Flow模型杀入蛋白设计C位

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硅谷 MP4 模型登场：AI 用自然语言写出会表达的蛋白，稳定性还超高

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MIT团队重磅发布蛋白设计新框架：BoltzDesign1，反向操作结构预测模型！

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AlphaFold之后，AI如何“设计”蛋白质？| 解读伯克利BAIR团队最新模型 PLAID

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AI预测蛋白结构不准？这项研究发现“噪声”反而让亲和力预测更准了！

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颠覆结构依赖！Prot42：AI如何用“语言”设计高亲和力蛋白结合物？

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哈佛团队发布ATOMICA：从原子层次统一理解分子相互作用！

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让AI“看见”蛋白质的修饰！杜克大学发布PTM-Mamba模型，引领下一代蛋白功能建模

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AlphaFold3真能助力新药发现？Baylor团队全面评估揭示关键边界！

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Baker团队炸场！RFdiffusion2能从原子坐标直接“写出酶”，还真能干活！

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FeNNix-Bio1攻克原子级分子动力学：AI一体建模反应性、自由能与蛋白折叠

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德国格赖夫斯瓦尔德大学团队发布 af3cli：一键生成 AlphaFold3 输入文件，结构预测再无门槛！

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Duke×Cornell发布duAb新工具，AI设计肽精准稳定癌症关键蛋白p53

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浙江大学团队推出PepPCBench，揭示AlphaFold3预测肽结构的局限

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不是最稳就被选！最新研究揭示AlphaFold2预测偏好“进化真相”:构象其实可被诱导出来！

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浙大发布全新蛋白生成模型ProtFlow：压缩语言模型潜空间，一步生成高质量蛋白!!

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AlphaFold3首秀：在CASP16挑战中表现如何

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ProGen3发布！从抗体到基因剪刀，AI蛋白生成能力全线进化

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浙工大团队发布 MeDCycFold 模型：一键预测“难搞”环肽结构，速度提升 49 倍！

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AlphaFold2还能干啥？哥本哈根-牛津团队开发AF2χ，揭示蛋白侧链柔性新维度！

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哥大团队更新力作！ESMDance 横空出世，AI 首次捕捉蛋白动态揭示突变效应

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AI 为绿色农药开发赋能：中国农大团队构建真菌 CDA 抑制剂精准筛选模型

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ProteinMPNN 解码新突破：CAPE-Beam 实现低免疫原性蛋白设计

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别只看ipTM了！AI预测蛋白复合物的新评分体系来了

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字节跳动重磅发布 APM 模型：多链蛋白全原子生成正式迈入 AI 时代！

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为什么没人觉得AlphaFold有意识？

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比利时VIB团队评估AlphaFold3预测蛋白磷酸化构象变化能力

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密苏里大学发布 MPBind 模型：首个融合蛋白语言模型与 EGNN 的多任务结合位点预测框架

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哈工大发布THLANet模型：无结构精准预测TCR识别，助力癌症免疫治疗

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蒙特利尔AI团队重磅发布：用语言模型生成蛋白构象，速度快百倍！

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ChatGPT也懂蛋白结构？UCLA联合Meta 发布ProteinGPT，蛋白结构与功能可对话！

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AlphaFold只是开始！Rutgers团队提出AI预测蛋白质动态结构新范式

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AI蛋白设计大逃杀：BindCraft、RFdiffusion、Cradle谁能胜出

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爆改蛋白质功能预测！这个团队把“图神经网络+AI大模型”玩明白了

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最新开源！蛋白结构标记神器 AminoAseed + StructTokenBench 全面来袭

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AIDO.ModelGenerator 上线：开启 AI 生物建模新纪元！

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AI首次全流程生成H5N1抗体！Frankies平台正式发布

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MultiFOLD2与ModFOLDdock2登场：蛋白质复合体结构预测与质量评估新标准

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FoldScript登场：专为AI生成3D蛋白模型打造的极速分析平台

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Boltz-1升级版Boltz-1x重磅发布：推动AI驱动蛋白建模与生成创

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中科大与北大联合推出 BioMiner 系统，加速蛋白-配体生物活性数据自动化提取

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ColabFold重大升级：正式开源环状肽建模功能！

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PPI-ID：让蛋白互作预测更精准高效的一款轻量化工具

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解码 8 亿蛋白质结构，AFESM 揭示了结构宇宙的新边界

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六个氨基酸，难倒 AI 群英会？

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AI 构建新一代亲和力预测框架：PPI-Graphomer 重塑 PPI 建模范式！

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AlphaFold 又立功！这款新工具精准识别噬菌体蛋白结构域，还能发现无序区

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超越ESM3！全新CoFlow模型颠覆蛋白设计范式：结构与序列同步生成

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突破AlphaFold！OriginFlow实现高效功能蛋白生成

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突破AlphaFold的“静态限制”！DiffPIE模型首次实现蛋白质在环境作用下的动态构象生成！

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突破AlphaFold盲区！斯坦福新方法高效预测蛋白多重构象，揭秘动态结构奥秘

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DeepMolecules重磅发布：只要有序列，就能预测酶底物、转运特性和催化参数的全能AI工具！

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三维太复杂？FlatProt上线：用二维“展平”蛋白质结构，精准比对一目了然！

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上海科技大学最新力作PhysDock：AI预测蛋白-配体复合物迈入“物理真实”时代！

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精准操控蛋白构象与功能！斯坦福发布Conformational Biasing设计策略

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智源研究院重磅发布OC2：首个可建模蛋白质构象景观的生成式基础模型！

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ProteinMPNN做的不是逆折叠！Sergey手撕AI蛋白设计圈错误定义

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匹兹堡 × 浙工大团队推出EpiMII模型：MHC-II表位设计精准度超ProteinMPNN 4.2倍

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突破AlphaFold2极限！浙江工业大学M‑DeepAssembly，刷新多结构域蛋白预测上限

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AlphaFold3 全面领先！CASP16 评估揭示 AI 药物设计新时代

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HADDOCK3发布！后AlphaFold时代最强结构建模平台全面解析

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一站式蛋白结构分析神器再升级！ProteinsPlus 2025 全新工具与工作流详解

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结构比对新时代！GTalign-web 发布：在 2500 万蛋白中飞速找出真正的同源者

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AlphaFold2不仅能“折蛋白”，还能精准找出受力才露面的真实绑定位点！

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“打败 AlphaFold 的 Loop 预测神器”？浙江大学重磅发布 AutoLoop！

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SaprotHub打造蛋白质建模的开源协作新生态：OPMC推动蛋白语言模型社区共建共享

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从 ID 到结构一键直达！AlphaFold 结构批量下载终于有解法了！

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序列到结构、再到能量变化：ProBASS联手ESM2+ESM-IF1，解决蛋白突变预测难题！

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一个大模型，搞定预测、设计、筛选、重构！GeoFlow-V2重新定义蛋白生成AI

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纳米抗体设计的 AI 突破！nanoFOLD 开启“逆折叠”驱动的精准序列生成时代

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AlphaFold跑不动长蛋白？LightNobel提出新方案，显存降低百倍、速度提升八倍

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从设计到合成一步到位！新框架 Saturn 实现“可控反应生成”，AI 分子设计进入实用时代！

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扩散模型造药新纪元！DiffSMol登场，一键生成“精准匹配”三维新药

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结构比对新纪元：SoftAlign 刷新蛋白结构数据库的“搜索速度与精度边界”

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刷满设计分=真智能？Protein FID直击蛋白生成AI模型“假优越”

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ProteinMPNN+AbLang：结构模型为何在 CDR 抗体设计上“翻车”？语言模型如何拯救？

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AlphaFold 开始“种田”了！ 人工智能蛋白设计提升田间大豆油含量

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打破预训练边界，FunBind 重塑蛋白功能预测范式

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从结构看进化：科学家构建病毒 AlphaFold 数据库，揭示跨界保守蛋白折叠

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AlphaFold3 评分引擎上线：AF3Score，让结构评估快、准、稳

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InstaNovo-P：为磷酸化而生的Transformer模型

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DPAC模型登场：仅靠序列也能预测蛋白-DNA 结合

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ProteinMPNN升级版？浙工团队推出HighMPNN让环肽设计不再“靠运气”

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交大团队重磅发布VENUSX：蛋白功能AI 迈入“微观可解释”时代！

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天然产物三维预测神器来了！NatGen 精准破解立体结构难题

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mTM-align2：用“逆折叠+对比学习”精准搜索蛋白质结构

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从氨基酸到自然语言｜Prot2Text-V2 如何用大模型“讲出”蛋白质的功能？

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继ProtTeX之后，苏大联合北大再推蛋白问答系统Prot2Chat

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如果AlphaFold能帮你预测结构，它也能告诉你如何结晶吗？

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AlphaFold的盲区，RareFold的主场：29种非天然氨基酸全建模无压力

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AlphaFold3 能否“破解”非天然环肽结构？首个系统评估来了

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《Nature Biotechnology》重磅发表：D-I-TASSER挑战AlphaFold王座

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融合ESM-2与基因组特征，LLAMP精准预测抗菌肽活性

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PRODVA：只用0.02%训练数据，华东师大新模型把蛋白设计卷出新高度

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UniMoMo v2 全能升级：构建真正通用的 3D 分子生成模型

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功能蛋白质设计，第一个通用评估基准：华师大PDFBench 重磅发布

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字节跳动推出CPSDE模型：首个支持任意环化方式的全原子肽生成平台

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复旦上交FoldBench评测平台，AlphaFold 3一骑绝尘，抗原预测仍是难点

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百度团队重磅上线 HelixDesign-Binder：蛋白结合物设计一体化平台

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NSMB | AlphaFold应用场景解析：补全Cryo-EM无法解析的IDR区段，精确指导点突变实验

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不再迷信 ipTM，MIT推出BindEnergyCraft革新蛋白设计

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AlphaFold3 能搞定分子胶预测吗？北大团队首评五大共折叠方法

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Protenix-v0.5.0 发布：字节跳动重塑蛋白质复合物结构预测新标准

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宾大发布YuelDesign：首个专为柔性结合位点设计的分子生成模型

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AlphaFold3 不只是预测结构，它还能帮你筛药？清华团队重磅提出 AlphaRank

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结构预测不用上服务器！ChimeraX内置Boltz模型，个人电脑也能轻松跑

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山东大学创新模型 trRosettaX2-Dynamics，推动蛋白结构预测走向动态时代

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BoltzDesign1 正式开源更新！AI 蛋白设计进入“可视化”时代

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蛋白表达能被“预测”吗？

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为什么别人用 AlphaFold 预测结构比你准？他们偷偷用了这个“模型大礼包”

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AlphaFold3能把结构折得完美，CASP16却发现：AI还不会判断哪个结构才真正可用！

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北大发布UniSite：一次性看清蛋白所有结合位点，不再错过任何一个

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MIT 联合团队发布 Boltz-2 模型，AI 预测小分子亲和力的新突破！

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AlphaFold3能不能预测对变构结合？答案竟藏在你喂给它的MSA里！

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结构预测不再“猜一猜”：CryoBoltz 让 AI 读懂冷冻电镜

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Boltz-2 正式登陆 Rowan 平台，蛋白-配体亲和力预测一键搞定！

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AlphaFold2 预测的结构，真的是蛋白在体内的“真实形态”吗？

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病毒如何“伪装成人类”？AlphaFold 揭示宿主-病原体的结构骗术

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别再被高pLDDT分数骗了！AlphaFold2偏爱理想结构，UCSF团队出手修正！

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AI分子设计再进化，清华MolJO引领多模态结构优化

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中科院药物所发布PBCNet2.0：国产AI模型实现突变识别与亲和力精准预测

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计算化学联合研究中心发布SAKE-PP，解决AlphaFold结构打分最大盲区

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Boltz-2 到底是什么？为什么 AI 药物设计圈都在用它？

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蛋白质无序区也有“结构信号”？AlphaFold帮你找到微弱互动

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ChatNT：首个支持DNA/RNA/蛋白的生物ChatGPT来了！

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AlphaFold已经够强了？那你可能还没见过“结构预测加强版”MULTICOM！

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NVIDIA 推出 Boltz-2 在线预测平台，蛋白结构预测一键搞定！支持API调用！！！！

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InstructPro震撼登场：自然语言驱动的小分子结合蛋白设计平台横空出世！

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一键交互，AI生成结合抗体！Diffuse发布革命性蛋白设计平台DiffuseSandbox

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AlphaFold3 终于加上「互动式 pAE 图」了，但这其实我们早就用上了

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逆折叠模型如何“零样本”预测蛋白稳定性？丹麦团队给出了热力学解释

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“高分”的骗局：GEMS 揭穿蛋白-配体打分模型的作弊真相！

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让 AlphaFold3 都甘拜下风？PIONEER2.0 为 48%蛋白互作预测打开新大门

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Sci Adv | AbEpiTope-1.0发布，AI精准识别抗原表位

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澳门理工大学发布PPIKB：蛋白互作数据集成平台全面上线

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AI协同建模序列+结构，PPDiff提升蛋白-蛋白设计成功率

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北大团队推出DVE-stability模型：用蛋白序列精准预测突变稳定性

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蛋白也能“精心设计”？看看 AlphaDesign 如何用 AI 打造“定制蛋白”

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预测更精准，结构更真实：DistPepFold如何进化AlphaFold对接能力

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RocketSHP 一秒预测蛋白动态全貌

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NanoBinder：AI与Rosetta协同工作的抗体预测工具

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阿里达摩院发布：LucaOne登上《NMI》，打通DNA到蛋白的AI模型

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蛋白和核酸的 AI 共修之路：OmniBioTE 开启多组学建模新时代

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修补 AlphaFold“评分盲区”？Dunbrack 团队给出了新答案

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ProteinZero：蛋白AI也能自己进化升级

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PoET-2 全解析：支持插入缺失预测，OpenProtein.AI 如何用小模型颠覆蛋白质设计

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ProtoBind-Diff：不依赖三维结构的蛋白序列驱动配体生成新解法

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BLAST 找不到，Foldseek看不懂，AI 上场！Gaia 用上下文搞定功能注释

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SAIR：AI生成结构 + 实验活性，构建最大蛋白-小分子数据集

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百图生科&西湖大学联合发布PFMBench：最全蛋白大模型评测体系

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Boltz-2 vs FEP？别急着站队，它们或许应该并肩作战

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AlphaFold 3在DNA纳米结构预测中的系统评估与局限性分析

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北大团队发布OmniESI：面向酶-底物相互作用的AI预测模型

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AlphaFold2 最准，ESMFold 最快？三款蛋白结构预测软件实测对比来了

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AlphaFold核心更新模块开放优化：Triangle Multiplicative Update竞赛启动

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《Nature Machine Intelligence》发表清华新模型TopoDiff：突破β折叠结构设计瓶颈

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AlphaFold 能预测蛋白-肽复合物吗？MIT 最新研究揭示真相

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蛋白质局部结构怎么建模？用原子级大模型就够了

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结构预测进入“质检时代”：ContrastQA 帮你选对蛋白复合物

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AbRank：助力AI模型准确识别抗体亲和力差异

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AI 学会“挑能量低的蛋白”：上海交大发布 EnerBridge-DPO 新模型

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Boltz-2 × SynFlowNet：从结构预测到生成新药的一站式闭环

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AI破解环肽对接难题，CABS-dock 实现全场景模拟

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利用 AlphaFold3 建模，解码 PGAM1 在癌细胞中的激活过程

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Chai-2 来了！OpenAI 支持的抗体生成模型，打出 19% 命中率王炸

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病毒“语言大模型”LucaVirus，能听懂病毒在说什么

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Nature Cancer | 用 AI 预测免疫疗效与副作用：德州大学团队发布抗体结合力大模型 Cmai

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EC-Bench标准出炉：重新定义酶功能预测的评估体系

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破解本征无序蛋白难题，bAIes让AlphaFold预测结构“动”起来

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结构分析新利器：FunCLAN如何识别蛋白构象变换？

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AlphaFold3 太“吃显卡”？看看这个加速神器 MegaFold！

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侧链也有话语权：LD-FPG精准建模蛋白质侧链动态与全原子细节

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上交×港科大联合发布 PRO-LDM：GFP 亮度提升 127 倍！实现蛋白功能定制化设计

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Nat. Commun. | AlphaFold 的“隐藏技能”：预测蛋白的多重形态！

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Sci Rep | AlphaFold太慢？IBM团队教你“蒸馏”出0.03秒结构评分器！

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Boltz-2 重绘人类互作组：蛋白复合物建模进入高通量时代

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复旦 × 斯坦福联手揭秘：AlphaFold真懂“物理”吗？

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百度发布全流程抗体设计工具，HelixDesign-Antibody强势登场

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华中科大薛志东团队 | SSAlign：让蛋白结构检索快上 770 倍的新利器

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纳米抗体设计成功率提升至19.5%，FoldCraft 重构 de novo binder 能力边界

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北师大联合团队发布 TDFold：AI视觉扩散模型跨界攻克蛋白结构预测

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Chai-2 模型正式上线 bioRxiv，零样本抗体设计进入实用时代

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AlphaFold3 的对手来了！新模型 IntFold 开启“可控蛋白预测”时代

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没有 MSA 怎么办？ProTact 用几何和物理重新定义蛋白互作预测！

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DrugDomain 2.0 正式发布：结构域-药物互作的全景图谱

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斯坦福团队破解蛋白突变预测瓶颈：STAB-DDG 模型性能/速度双突破

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Python 也能“发现新酶反应”？看 EnzyMS 如何帮酶催化研究提速 3 倍！

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PLMDA-PPI：华中科大打造跨物种蛋白互作预测利器

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AlphaFold3 升级插件 SiteAF3 登场：精准对接药物结合位点，效率更高！

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浙工大张贵军团队推出AlphaFlex，精准捕捉蛋白多构象！

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一文看懂AF3、AF2、Boltz-1、Chai-1在抗体建模中的真实表现

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Boltz-2 v2.2.0 正式发布：结构-亲和力一体模型再升级

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中科院合成所发布EZpred：突破同源序列利用瓶颈，显著提升酶功能预测

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清华×华深智药发布Pocket2Mol：从口袋出发的3D药物生成模型

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专为抗体设计而生，Epi4Ab定义抗体-抗原“接触点”

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NVIDIA再出手：全原子蛋白生成模型La-Proteina震撼登场

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结构、功能、进化一次搞定？清华&上海人工智能实验室发布AMix-1打通蛋白设计全流程

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字节跳动 × 清华重磅发布 Protenix-Mini：用蛋白语言模型替代MSA，结构预测又快又准

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TT-Boltz 重磅发布：单芯片运行 Boltz-2，AI药物筛选再提速！

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AI预测植物“免疫力”？UC伯克利团队开发新模型mamp-ml，准确率高达73%！

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Nat. Commun. | DeepTernary：TPD药物设计的AI加速引擎

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RFdiffusion官方文档（测试版）上线啦！！

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结构打分的“新金标”：NVIDIA × Schrödinger发布ToxBench 数据集与 DualBind 模型

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浙大×百度联手打造！BioScore通用评分模型，让蛋白、核酸、小分子统统一网打尽！

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Nat. Commun.｜上交AI模型VenusMine精准发现97倍活性的PET降解酶KbPETase

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5个月打造的Latent-X，凭什么能让AI蛋白设计直接命中靶点？

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什么都不用装！OmniFold直接打包AlphaFold3、Chai-1、Boltz-2、RFdiffusion，一键跑全套！！

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全盲AI肽设计登上Nature子刊！EvoBind2不靠结构照样高亲和！

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江南大学团队蛋白质从头设计的突破性应用！GPlad技术让蛋白降解精准无比！

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ICML 2025 | 全原子逆折叠模型ADFLIP发布：支持多构象+非蛋白配体的序列设计方法

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NVIDIA药物AI模型GenMol正式开源，打通AI药物生成全流程

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百图生科爆款新模ProteinReasoner！轻量大模型竟干翻ESM3！

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ProteinMPNN 过时了？DynamicMPNN 正式接棒多态设计未来！

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浙工大张贵军团队MViewEMA刷新蛋白评估上限！结构预测进入“挑模型”时代！

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蛋白语言模型学了十年，还不如搞个实验教它！

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蛋白复合物预测更准了！AF3Complex 正式发表上线《Bioinformatics》

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AlphaFold3又又又又又翻车了？

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C3PI 模型，蛋白交互预测不再靠“背答案”

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无需模板、无需配体，MotifGen基于结构预测结合基序

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突破20种氨基酸限制！NCFlow开启肽药设计新纪元

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Boltz-2 NIM更新啦！亲和力预测功能正式上线！

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MIT 蛋白小模型吊打全场，终于有人反内卷了

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DEERFold登场：让AlphaFold“读懂”蛋白多态性

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跨物种也能预测蛋白互作？港科大新模型HIPPO做到了！

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浙大陈铭团队上线HPInet，输入FASTA预测人-菌互作！

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AI自动识别蛋白结构的“柔性区域”？ProProtein真的做到了

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AI 结构注释工具 Phold，引爆噬菌体研究新周期

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BOLD-GPCRs：AI 预测 GPCR 药物靶点的新工具

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专盯“顽固环”的打分神器——ELEN来了！

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Nature Biotech正式刊登PepMLM，AI无结构精准造高亲和多肽

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AlphaFold3被反超？中科大周少华&熊鹏团队RNA大模型三级结构预测更胜一筹

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什么？？RosettaFold 出 3 了？！Baker×DiMaio 团队合作之作

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百度HelixVS：CPU跑出GPU速度，AI虚拟筛选提速13倍！

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字节跳动发布 PXDesign：快、准、狠的蛋白结合物设计平台

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哥大 AI 模型 PreMode 上线：蛋白突变解读从此更精准

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AI能设计跨膜蛋白了？TMDiffusion：首个全原子跨膜蛋白设计扩散模型

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CASP16 模型质量评估大揭秘：谁能精准挑出好模型？

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预测蛋白稳定性的新工具：ProStab

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只看序列，AI 也能看出蛋白互作？ProteomeLM 震撼登场！

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不做实验也能训练AI？rbio-1开辟生物推理新路径

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RFdiffusion2 正式开源！

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植物也有了自己的ChatGPT？PlantDeBERTa来了，专为植物科研量身打造的AI模型！

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DynaRepo：首个宏观分子动力学开放库上线，助力AI理解分子如何“动”起来！

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CoMET：用生成式AI预测你的健康未来

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AI巨兽Boltz-2 结合传统分子对接工具Vina，虚拟筛选新王者Boltzina登场！

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吊打 RFdiffusion！斯坦福 2200 万参数小模型 Protpardelle-1c 横空出世

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实至名归！！BindCraft 登顶 Nature，AI蛋白设计最强选手出道即巅峰！

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史上最强分子AI之一！OrbMol发布！蛋白-配体结合打分 + 全蛋白模拟 + 1亿训练数据！

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Boltz 系列再更新！AI 药厂 Recursion 发布Boltz-ABFE！自由能计算彻底无结构！

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AlphaFold 3 也能“看懂”糖链？一文带你入门

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智药元创与上交大联合打造“AI设计新引擎”，ProDualNet精准生成双靶蛋白序列！

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中国原创！石油大学王淑栋团队发布AlphaPPIMI：突破PPI成药难题的AI利器！！

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从AI抗癌先锋，到Boltz-2革命的缔造者｜MIT教授 Regina Barzilay

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FreeBindCraft：真正意义上的开源蛋白质设计平台来了！

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AI蛋白模型的底座在哪？Logan直接接入全地球基因序列！AI生物模型再也不缺“粮”了！

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全能生物分子结合蛋白生成器！湖南大学彭绍亮团队AI力作EiRA

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只靠序列搞定多肽设计！深圳大学朱泽轩团队发布PepCCD！挑战RFDiffusion霸主地位！

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RareFold重磅更新！！29种非天然氨基酸设计肽首次通过人源免疫学验证

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史诗级更新！全原子蛋白设计模型La-Proteina正式开源！！！

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Boltz-2无法胜任分子胶预测！AI模型在真实药物任务中遭遇滑铁卢！！

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Nature Methods | AlphaFold3被碾压？北大&昌平实验室高毅勤团队发布GRASP模型

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通用抗体设计大模型！！腾讯AI开源新工具，一站式颠覆抗体研发流程

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David Baker再立里程碑！！！RFdiffusion3带来真正意义上的全原子AI蛋白设计模型！！

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AI蛋白设计基础设施再升级，MMseqs2推出GPU加速版本，蛋白同源搜索提速199倍！

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AI环肽新突破！CycleRFdiffusion成功设计出能结合TREM2的分子

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AI 抗体设计新突破！斯坦福 & Arc 推出 Germinal，几十个候选就能成功！！

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苹果跨界AI生物！SimpleFold无MSA挑战AlphaFold！折叠蛋白从此不再复杂！！

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上海AI实验室重磅发布SciReasoner！首个覆盖 DNA-蛋白-材料-分子的通用科学推理大模型！

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AI+生物催化横扫 Nature：CATNIP 打开化学与蛋白的新宇宙

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AI 引爆三模态蛋白革命！西湖大学ProTrek 从预印本到顶刊的进化之路

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当AI蛋白模型开始学会思考，它在思考什么？港中文&北大&斯坦福团队带来他们的解答

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Nature重磅｜EZSpecificity打通AI+酶学全流程：建数据库、造模型、做实验一篇全包！

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AI蛋白模型全民化时代来了！西湖大学 Nature Biotechnology 新作炸场！

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全模态AI分子设计师 ODesign 发布！真的这么全能？

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全民共折叠时代开启！OpenFold3发布！全开源可商用的蛋白-核酸-小分子基础模型！

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AlphaFold3 批量预测 48 万个天然产物复合体

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AI 从零构建原子级抗体，David Baker 团队 RFdiffusion 登顶 Nature！

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当 “幻觉” 成为 AI 蛋白设计的第一步：MIT Sergey 团队将 AlphaFold 幻觉化为设计力量

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能写抗体的AI语言模型！登顶Cell！

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西湖大学HalluDesign！把幻觉变成创造力，重新定义AI蛋白设计！

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交大团队“魔改”AlphaFold3成AI抗体设计器？准确率直接翻两倍！

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蛋白复合物预测的“后MSA时代”！浙工大×Nat. Commun.最新成果！

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“千万级” Cryo-EM 大模型！西湖大学Nat Methods新作！AI 带你“自动驾驶”做电镜！

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RFdiffusion3开源！Baker团队Nature 双发！AI 功能蛋白设计正式搬上台面！

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“全原子”结构预测模型狂欢背后的一地鸡毛

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底座数据都是错的？AI 蛋白这座大楼早已摇摇欲坠

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首次让 AI 自动“长”出真实晶体构像！继 AlphaFold 后最震撼的结构 AI 革命！

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什么？还在用AlphaFold验证AI蛋白设计？

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字节开源 PXDesign！实验命中率碾压主流蛋白设计模型！

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AI生成的结构数据真的能用来训练模型吗？？？

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开源蛋白家族大模型 ProFam，为什么进化约束才是蛋白 AI 的难点

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生物大模型的困境，十年前就已被预言

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