Executable Agent Skill

EnzyDesign

Ligand-Conditioned Protein Design Pipeline for AI Agents

README

EnzyDesign

配体驱动蛋白设计 + 虚拟筛选闭环工作台

整合 EnzyGen2 蛋白生成 + ESMFold 结构预测 + AutoDock Vina 对接 + ADMET 评估,端到端 GPU 加速。


架构

输入: 配体 SMILES + Rhea Motif ID
│
▼
┌─────────────────────────────────────────┐
│  EnzyGen2 蛋白序列生成                   │
│  (配体条件化,设计与该配体结合的蛋白)       │
└─────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────┐
│  ESMFold 结构预测                        │
│  (GPU加速,生成3D结构)                    │
└─────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────┐
│  AutoDock Vina 分子对接                   │
│  (评估蛋白-配体结合亲和力)                 │
└─────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────┐
│  ADMET + PAINS + SA 评分                 │
│  (药物代谢动力学/毒理/合成难度)            │
└─────────────────────────────────────────┘
│
▼
综合排名输出
JSON报告 / CSV排名 / PDB结构

安装